تدور إسلامية المعرفة حول ثلاثة محاور بحثية رئيسة :

 المحور الأول : الاستيعاب النقدي للعلوم الاجتماعية الغربية، من خلال الكشف المعرفي المنهجي عن آليات تشكل هذه العلوم في الحقل المعرفي الغربي .

 المحور الثاني: فهم واستيعاب النموذج المعرفي الذي تولدت عنه علوم التراث الإسلامي، بإعادة النظر في آليات
 اشتغاله المعرفية والمنهجية، والكشف عن نقائصه في ضوء المتطلبات المعرفية المعاصرة .

المحور الثالث: إبداع منهج يستوعب منجزات المناهج التراثية، والحداثية، ومن جهة أخرى يكون متجاوزًا لنقاط المفاصلة المنهجية والتي سيكون الوحي معيارًا لتعيينها.